U noworodków diagnozuje m.in. wady wrodzone: zarośnięcie przełyku, niedrożność dwunastnicy, niedrożności jelita cienkiego i grubego, zarośnięcie odbytu, przepuklinę pępowinową, przepuklinę przeponową, refluks żołądkowo-przełykowy, wodonercze czy zastawki cewki tylnej.
Zajmuje się także innymi chorobami noworodków i niemowlaków – zapaleniem kości, przepuklinami pachwinowymi, guzami krzyżowo-ogonowymi, złamaniami okołoporodowymi czaszki i kończyn, urazami wątroby i śledziony, zapaleniem jelit (także martwiczym), wodogłowiem, niedrożnością dróg żółciowych, torbielami dróg żółciowych, przerostowym zwężeniem odźwiernika czy kręczem szyi.
Chirurg dziecięcy pomaga także w zakresie chorób, które dotykają tylko małych chłopców. Należą do nich między innymi: wodniak jądra, wodniak powrózka nasiennego, żylaki powrózka nasiennego, leczenie stulejki, orchidopeksja, spodziectwo.